В сезоне 2007 года «Зенит» выиграл турнир российской Премьер-Лиги и впервые в истории клуба стал чемпионом России. Одновременно зенитовцы стали обладателями следующих почетных призов: «Имени Г.Федотова», как самая результативная команда чемпионата, «Крупного счёта», «За волю к победе» и «Агрессивного гостя». В утвержденный РФС список 33-х лучших игроков чемпионата вошли под №1 – полузащитники Анатолий Тимощук и Константин Зырянов, а также нападающий Андрей Аршавин, под №2 – крайние защитники Ким Дон Джин и Александр Анюков, под №3 - центральный защитник Николас Ломбартс. Константин Зырянов был также признан РФС лучшим игроком 2007 года в России, а Вячеслав Малафеев стал лауреатом приза «Лучшему вратарю им. Л.И.Яшина», учрежденного журналом «Огонёк».

В розыгрыше Кубка России 2006/2007 «Зенит» на стадии 1/8 финала обыграл подмосковный «Сатурн» 1:1, 1:0, но в четвертьфинале уступил московскому «Спартаку» 1:2, 1:1. Тем не менее, благодаря победе в финале московского «Локомотива», зенитовцы получили право стартовать осенью в розыгрыше Кубка УЕФА.

В розыгрыше Кубка России 2007/2008 «Зенит» разгромил динамовские команды Брянска (1/16, 4:1) и Москвы (1/8, 9:3), но в 1/4 финала уступил по пенальти «Томи» 0:0 (3:4).

В розыгрыше Кубка УЕФА 2007/2008 годов «Зенит» стартовал со 2-го отборочного раунда. Переиграв словацкий «ВиОн» и бельгийский «Стандард», петербургская команда вышла в групповой этап. Набрав 5 очков в однокруговом турнире с участием английского «Эвертона», немецкого «Нюрнберга», голландского АЗ и греческой «Ларисы», зенитовцы заняли в нём 3-е место и вышли в стадию плей-офф.

В Чемпионате дублеров резервисты «Зенита» заняли 12-е место.